Los mapas son también una representación gráfica de los conflictos territoriales, disputas sobre la posesión de una extensión de tierra o de mar entre dos estados. En algunos casos, las reclamaciones tienen un fuerte componente económico, el interés en aprovechar recursos naturales, como tierras de cultivo, agua, yacimientos petrolíferos o mineros, recursos pesqueros, etc. y en otros es por un nacionalismo, que a su vez puede estar apoyado por motivos culturales, religiosos o étnicos. Este mapa muestra en rosa a los países que tienen algún conflicto territorial con algún vecino.
Los conflictos territoriales han sido a menudo el motivo de guerras y también de actos de terrorismo. Desde la fundación de las Naciones Unidas se ha intentado que estas disputas se diriman siempre de forma pacífica mediante arbitrajes internacionales. Las disputas territoriales están presentes en todos los continentes y pueden ser desde regiones grandes y pobladas como la región de Cachemira, reivindicada por India, Pakistán y en parte por China o la península de Crimea en disputa entre Rusia y Ucrania. También pueden ser territorios desérticos como grandes zonas de la Antártida, reclamadas por Chile, Argentina y el Reino Unido o algo tan sencillo como una calle, el Pasetto di Borgo, 
que es un corredor elevado entre la Ciudad del Vaticano y el Castillo Sant’Angelo, cuya soberanía reclamaban el Vaticano y la República Italiana y del que finalmente el papa Juan Pablo II reconoció la soberanía italiana, probablemente para no tener que encargarse de su restauración, mediante un intercambio de notas diplomáticas el 18 de mayo de 1991.
Los gobiernos y servicios geográficos de cada país suelen ser muy celosos de que sus mapas incluyan bajo sus soberanía los territorios en disputa mientras que empresas internacionales como Google intentan llevarse bien con todos y a menudo los mapas varían en función de desde qué país se accede a los servidores que contienen los mapas.
Los mapas también se han usado como argumento en estos conflictos territoriales. Así, el gobierno de las Filipinas organizó una exposición en Manila de 60 mapas antiguos sobre una zona en disputa el arrecife de Scarborough o de Panacot, situado al oeste de las Filipinas. 
El mapa más antiguo era de 1136, durante la dinastía Song y mostraba que distintas islas en disputa como las Scarborough o las Spratly, también en disputa, no aparecían en los mapas como pertenecientes a China, ni siquiera en los propios mapas chinos, cuyo extremo sur era la isla de Hainan. Los filipinos también mostraban mapas filipinos y de países occidentales. La República Popular China respondió publicando un nuevo mapa oficial «vertical» que incluía no solo la China continental sino gran parte del sur del Mar de China con todos los territorios en disputa y una gran área oceánica incluidos entre sus territorios de soberanía. La política también interviene en la cartografía.
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