Un estudio sobre ansiedad y TEA encontraba que un 39,6% de los individuos con autismo tenían al menos un trastorno de ansiedad. Los tres tipos más comunes de estos trastornos eran los siguientes:
1) Fobia específica (29,8%)
2) Trastorno obsesivo-compulsivo (17,4%)
3) Trastorno de ansiedad social (16,6%)
El meta-análisis revelaba que factores como la edad, el subtipo de TEA, el cociente de inteligencia (CI) e incluso la forma de evaluar la ansiedad (usando un cuestionario o una entrevista) influían en el tipo y gravedad del trastorno de ansiedad. 
Como ejemplo, las personas con menor CI tenían mayores niveles de ansiedad y mayores niveles de trastorno de ansiedad social. La conclusión era que los trastornos de ansiedad en personas con TEA pueden no ser diagnosticados y permanecer sin tratamiento.
En principio, los niños con autismo expresan su ansiedad o nerviosismo de la misma manera que los niños normotípicos. Frecuentemente también por los mismos motivos, por ejemplo la ansiedad causada por tenerse que separar de los padres para ir a la escuela o a un campamento de vacaciones o los problemas que surgen con los deberes, los compañeros, los maestros… 
Otro tema que agobia mucho a los niños son los problemas de salud, pensar si va a ir todo bien, cómo les va a afectar en su vida cotidiana, con sus compañeros, incluso plantearse cuál va a ser su futuro. No es extraño que para los niños con autismo la respuesta sea aún más intensa porque por un lado son especialmente afectados por la ansiedad social, el miedo ante la irrupción en sus vidas de nuevas personas y de nuevas situaciones y por otro, tienen a menudo dificultades para identificar y/o expresar qué es lo que les está angustiando.
El estrés y la ansiedad surgen de maneras diferentes. Puede haber manifestaciones físicas (sudoración, tensión muscular, dolores de cabeza o de estómago, taquicardia…) y también psicológica. Una respuesta frecuente a las situaciones de estrés o ansiedad de los niños con autismo 
son las acciones repetitivas, muchas de las cuáles no tienen una función clara, como puede ser romper papeles o rasgar algún tejido. También se han encontrado niveles de ansiedad superior a la media en los hermanos de un niño con autismo, en particular en los chicos.
Muchos niños con un TEA tienen dificultades de expresión verbal. Por eso, es importante tener en cuenta estas reacciones extemporáneas, no caer en una dinámica de acción-reacción que aumente esa sensación y explorar qué es lo que puede estar causando esa ansiedad o ese estrés. Debido a que esa tensión no se verbaliza, algunos investigadores consideran que los síntomas físicos de la ansiedad son especialmente marcados en las personas con un TEA.
Además de los fármacos, que siempre tienen efectos secundarios, la herramienta más usada para atajar los problemas de ansiedad es la terapia congnitivo-conductual. 
Este aprendizaje no consiste en un vínculo asociativo entre estímulos y respuestas sino en la formación de relaciones de significado personales, esquemas cognitivos o reglas. Se usa con buenos resultados en niños que tienen al menos algunas habilidades verbales. El primer paso en esta terapia es enseñar al niño a identificar el sustrato de sus miedos. Por ejemplo, un niño que tiene un ataque de ansiedad cuando su mamá le deja en el cole puede temer que la separación sea definitiva y que nunca va a volver a verla. Una vez identificada la raíz del problema, el terapeuta puede guiar al niño para que vaya desmontando esa ansiedad enfrentándole a las evidencias disponibles.
Una vez terminada la fase de identificación se suele entrar en una fase de afrontamiento. La idea es que cada niño se enfrente a sus miedos poco a poco, paso a paso. Por ejemplo, si el niño tiene pánico ante la supuesta separación con su madre, el terapeuta puede pedirle que esté en una habitación separado de su madre durante un minuto. 
Cuando su madre vuelve, el niño reafirma que no ha pasado nada, que estaba bien. El terapeuta entonces va aumentando el tiempo de separación de la madre lo que va reforzando al niño a tranquilizarse, a ir apagando su ansiedad y a sentirse protegido y seguro.
La base de la terapia cognitiva-conductual es bien conocida, se usa para niños con problemas muy diferentes y parece ser más eficaz para el tratamiento de la ansiedad que otras aproximaciones. Una ventaja final es que los familiares pueden seguir estas sencillas técnicas en casa, siempre bajo la guía de un profesional, y aumentar así su eficacia y al aumentar las “sesiones” disminuir sensiblemente el tiempo de intervención. Como en cualquier otra persona, la gravedad de la situación puede hacer necesario el empleo de fármacos, ansiolíticos, pero muchos casos leves pueden afrontarse con terapias psicológicas e incluso los más severos, pueden beneficiarse de terapias complementarias basadas en el trabajo del psicólogo.
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