La Asociación Europea de Universidades ha publicado un estudio sobre universidades de 34 países , concluyendo que falta mucho en Europa para una genuina autonomía universitaria. El informe recoge treinta indicadores diferentes en los ámbitos de gobernanza y organización (sistemas propios de elección, estructuración del gobierno universitario y rendición de cuentas), financieros (establecimiento de tasas, posibilidad de solicitar préstamos y financiación complementaria, capacidad de poseer tierras y edificios,…), plantilla (posibilidad de reclutar definiendo los perfiles y condiciones de contratación o de selección de funcionarios) y académicos (capacidad de definir el perfil académico de la universidad, de instaurar nuevas titulaciones de grado y postgrado, de definir la estructura y contenido de los programas, de determinar los sistemas de control de calidad y de decidir los criterios de admisión de estudiantes).
La autonomía universitaria, consagrada en el artículo 27 de la Constitución Española y uno de los fundamentos de la Carta Magna de las Universidades, es considerada por la Comisión Europea como un factor clave para la modernizacón de las universidades en el siglo XXI. Sin embargo, muchos tenemos la sensación de que ha pasado a ser más un deseo que una realidad en muchos países, includo el nuestro, al igual que ha sucedido con el derecho al trabajo o el derecho a la vivienda para todos los españoles. No hay realmente autonomía universitaria cuando los gobiernos regionales deciden, a menudo con buen criterio, cosas como la oferta de títulos, tanto de grado como de postgrado, los límites de número de alumnos de nuevo ingreso en las carreras donde la demanda es mayor, las tasas de matrícula, el programa de inversiones o, simple y llanamente, la supervivencia económica de una universidad. 
En algunos casos, los gobiernos autónomos han promovido la creación de nuevas universidades, institutos de investigación o facultades. Por un lado, es un aspecto normal del desarrollo de un programa político como podría ser el establecimiento de un polígono industrial, la construcción de un tramo de carretera o la concesión de una licencia para una explotación minera o ganadera. Evidentemente, una nueva universidad genera puestos de trabajo, fija jóvenes al territorio y genera actividad cultural, deportiva, convirtiéndose en un importante dinamizador social. En el entorno cercano surgen numerosas empresas para atender la demanda de los nuevos clientes, de fotocopiadoras a pizzerías, de tiendas de ropa a agencias de viaje. Pero a nadie se le oculta que una universidad es algo más complejo que un polígono industrial y no es fácil que una universidad nueva capte estudiantes de fuera de su distrito o zona de influencia geográfica, afectando a las universidades cercanas. Por otro lado, en España todos los profesores universitarios (tras la LOMLOU) y todas las universidades, tienen que investigar. Se calcula que en Estados Unidos, con más de 3.200 instituciones de enseñanza superior, solo hay unas 100 universidades investigadoras. 
El último cuarto del siglo XX partió de ese compromiso constitucional de la autonomía universitaria y de una mejora general de instalaciones, servicios y plantillas pero fue también el de la consolidación de algunos de los problemas que en estos momentos nos afectan, generándose una situación potencialmente arriesgada. La transferencia de las competencias en educación a las comunidades autónomas supuso la existencia de 17 modelos universitarios. Por un lado, no existe comunidad autónoma, por pequeña que sea, sin universidad o universidades. Algunas autonomías optaron por una única universidad repartida en distintos campus (Castilla-La Mancha, País Vasco, Aragón,..) o por poner una universidad en cada provincia, menos la que tenga dos (Andalucía). 